TAKE HOME TEST

hy bee..
ini hampir mirip sm yg postingan sbelumnya, tapi gatau yg kemarin bener atau g, akhirnya aku bkin baru lagi deehh bee :)
mencuri wktu belajar materi ujian limno besok yang buanyakk banget.. gpp deehh..
ngadepin kertas terus kn lama2 bosen, sekali2 di selingi sma ngadepin lepy :D
hehhe

junal artikel kali ini sumbernya dari E-Book portal undip yaitu springerlink .
naahhh.. jurnal artikelnya bisa dilihat disini :)
atau bisa juga disini lhooo...

Development of an oligo DNA microarray for the European sea bass and its application to expression profiling of jaw deformity

(Perkembangan dari sebuah DNA Microarray Oligo untuk sea bass Eropa dan Aplikasi untuk menunjukkan Profil Bagian Deformitas)

Eropa sea bass (Dicentrarchus labrax) merupakan ikan laut yang sangat penting untuk perikanan dan akuakultur. Pada genomik fungsional terdapat kemungkinan untuk menemukan mekanisme molekuler yang mendasari sifat produktif dalam ikan budidaya, dan langkah menuju penerapan metode seleksi penanda membantu dalam spesies ini.

seperti apa sih ikannya yaaa... yyuukk ditilik :))

sekilas mirip ikan bandeng yaaa :))

Rahang bawah / tonjolan prognatisme adalah suatu malformasi perkembangan fenotipe wajah yang sangat khas. Dalam sea bass Eropa, Dicentrarchus labrax, fenotipe yang sering di amati mirip dengan prognatism. malformasi pada ikan ini dikaitkan dengan  kurangnya vitamin A atau kelebihan Ω-3 poli-asam lemak tak jenuh (PUFAΩ3) [5,6]. Sementara kondisi eksternal (misalnya pola makan, suhu air) dianggap faktor terbesar penyebab dari cacat tulang (tengkorak dan tulang belakang). Kenampakan profil individu menunjukkan fenotipe alternatif dan dapat di jadikan sebagai pendekatan komplementer untuk analisis keterkaitan, dalam rangka untuk mengidentifikasi lokus yang terlibat dalam penentuan sifat genetik. Selanjutnya, pendekatan transcriptomic mungkin memberikan gambaran yang lebih luas dari mekanisme molekul yang mendasari pengembangan cacat kranial, yang bisa menjelaskan juga pada faktor-faktor lingkungan yang mempengaruhi kondisi ini. Maka  suatu oligo DNA microarray, khusus untuk D. Labrax dikembangkan. pendekatan yang sama pada spesies ikan lainnya  sudah disediakan microarray kuat dan fleksibel.

Meskipun bass laut di mendukung lokal perikanan dan rekreasi memancing, kepentingan utama pada spesies ini terkait dengan budidayanya. Ikan yang cacat tidak digunakan sehingga mmepengaruhi produksi dari ikan bass itu sendiri, selain itu juga memakan waktu dan tenaga untuk menyeleksinya.

Penjelasan fungsional gen diferensial dinyatakan Dalam rangka untuk mendapatkan interpretasi fungsional yang lebih sistematis dari himpunan gen diferensial dinyatakan, GO analisis pengayaan dilakukan menyusul dua strategi alternatif.Pada yang pertama, GO analisis pengayaan dilakukan dengan menggunakan alat GOStat.
Semua urutan cDNA di sea bass microarray terdiri dari urutan mRNA secara umum, EST diproduksi melalui sekuensing akhir 5 dari klon dari arah sumber cDNA.  sebagian besar gen pengkodean ditranskripsi pada kedua tali, menghasilkan transkrip antisense.Untuk cross-memvalidasi kinerja platform, satu set gen yang signifikan diuji dengan menggunakan QRT-PCR.  Sebuah korelasi yang signifikan secara statistik diperolehdengan  membandingkan tingkat ekspresi untuk masing-masing gen di semua sampel . Sembilan gen menunjukkankoefisien korelasi yang tinggi (Spearman rho> 0,8) , dengan probabilitas (nilai p <0,01) dengan data qPCR. Tiga gen menunjukkan korelasi yang signifikan (0,7 <rho> 0,8 dengan nilai p <0,01), sementara tidak ada korelasi yang diamati pada kinase siklin dependent 2-1 (CDK2) menunjukkan perubahan lipat <1,2, yang perubahannya terdeteksi oleh gen spesifik PCR dan oleh kedua microarray probe.

Poin utama muncul dari hasil penelitian ini :

·        fleksibilitas, kehandalan, dan reproduktifitas  yang tinggi dari platform microarray dikembangkan untuk sea bass Eropa.

·         menyangkut penjelasan Transkriptome sea  bass
·        keberadaan Nat di sea bass Transkriptome, terkait dengan masalah ini. antisense alami transkrip awalnya diidentifikasi mencari koleksi EST , dan tampaknya meluas di seluruh spesies hewan. 
Analisis microarray sea bass Transkriptome tidak secara khusus bertujuan menyelidiki Nat namun memberikan bukti awal untuk keberadaan RNA antisense putatif pada spesies ini.Analisis fungsional Nat seabass juga menunjukkan pengayaan yang signifikan fungsi molekul tertentu, meskipun hasil ini memerlukan konfirmasi lebih lanjut.
Perkembangan tulang tidak  paling tidak  mewakili proses biologis yang ber-hubungan dengan  peran fungsional protein yang dikode secara diferensial dan di ekspresikan oleh gen dalam sea bass yang cacat. Sebuah fraksi besar dari mereka muncul untuk mempengaruhi pertumbuhan dan fungsi  saraf. Pergeseran temporal dalam perkembangan saraf mandibula, yang mungkin akibat dari proses mandibula berubah untuk pembentukan tulang.  Sebuah keterlambatan dalam proses osifikasi memungkinkan pertumbuhan berkepanjangan komponen tulang mandibula meng-akibatkan rahang bawah yang menonjol.

Kesimpulan
Analisis microarray sea bass Transkriptome memberikan bukti awal untuk keberadaan RNA antisense putatif pada spesies ini. Platform genomik diterapkan untuk mendeteksi diferensialgen diekspresikan dalam rahang bawah rahang-cacat ikan, mengungkapkan bawah regulasi yang signifikan dari transkrip yang terlibat dalam pembentukan tulang dan fungsi saraf. Clustering dilakukan dengan meng-gunakan strategi berdasarkan BLAST (Basic Local Alignment Pencarian Alat) untuk mengidentifikasi urutan calon. Kesamaan pencarian untuk setiap transkrip yang berbeda terhadap database yang berbeda dilakukan dengan menggunakan BLAST tersebut. Semua transkrip sea bass yang unik, dan penjelasan yang sesuai mereka disimpan dalam labrax Dicentrarchus Padova Database (DLPD), yang didasarkan pada BIOMART lingkungan dan dapat dilihat dengan menggunakan filter yang berbeda.

jurnal : bioinformatika di bidang akuakulture

waaahhh...
ini tu buat ujian bee, tapi take home..
resume jurnal dr portal undip.. nyarinya kok lumayan susah yaaa
:D walaupun ujian kalo take home begini berasa kaya tugas deehhh...

sebelumnya kan udh pernah di singgung tentang bioinformatika. sekarang kita ulas lagi yuuk sebelum ke jurnal .
dari beberapa sumber anonymus bercerita bahwa sebenarnya bioinformatika dan biotekhnologi itu kaitannnya sangat lah erat, biotekhnologi dapat berjalan dengan lancar dengan adanya bioinformatika tentunya.

Bioteknologi mempunyai potensi yang sangat besar dalam pengembangan biodiversivitas genetik untuk meningkatkan nilai tambah suatu produk pertanian. Dalam waktu dekat kemajuan bioteknologi akan sangat ditentukan oleh kepiawaian dalam mengakses data biomolekuler, menganalisis, dan menginterpretasikannya untuk menentukan potensi aplikasinya. Cabang ilmu baru yang merupakan penggabungan dari ilmu biologi dan komputasi dalam biologi molekuler disebut dengan bioinformatika. Bioinformatika sangat penting karena penemuan bidang biologi masa yang akan datang tidak hanya melalui invivo, in vitro, in situ, ex situ tetapi juga melalui in silico. (Suwanto, 2002).

Bioinformatika mengkombinasikan antara bioteknologi dengan penggunaan komputer yang melibatkan internet, intelegensia buatan dan metode-metode komputasi lanjut untuk membantu menyimpan informasi dan menganalisis informasi yang ada. Pada dasarnya bioinformatika mempunyai fungsi dalam menyimpan informasi dan menganalisis informasi tersebut.

Dalam perkembangan bioteknologi dihadapkan pada permasalahan kompleksitas sistem biologi molekuler yang tidak hanya berdasar pada data kualitatif tapi juga data kuantitatif sehingga dalam memecahkan permasalahan diperlukan metode komputasi yang secara efisien mampu melakukan penyimpanan data, hipotesa awal, konfirmasi, interprestasi, dan spekulasi terhadap data yang kita dapatkan.

Penemuan-penemuan kedepan tidak mustahil semua akan berbasis pada bioinformatika, mengapa bioinformatika begitu berdaya guna hal ini disebabkan karena secara garis besar bioinformatika dalam analisis datanya bersifat (Trimarsanto, 2003) :
1. Pendukung hipotesis awal, tapi bukan jawaban yang definitive 
2.Pre- select targets
3.Mampu menemukan suatu pola yang seragam dalam suatu kumpulan data

Kelebihan bioinformatika tersebut tidak lepas perkembangan teknologi semikonduktor yang mampu menciptakan prosesor dengan kecepatan akses yang tinggi terhadap jutaan data yang terdapat pada database dengan menggunakan allogaritma tertentu dalam menentukan skor pembanding homologi antara sekuen DNA yang dinput dengan sekuen DNA yang ada pada database. Keberhasilan bioinformatik dalam bioteknologi sebagai contoh adalah (Trimarsanto, 2003) :
1.Human genome project lebih cepat tiga tahun dari yang diharapkan
2. Rice genome poject ,oleh China
3. Fugu fish project oleh Jepang 
4.Perancangan obat antimalaria (Fosmidomycin)

Bioinformatika secara garis besar begitu penting dalam pengelolan diversitas yang berujung pada pemuliaan tanaman karena (Trimarsanto, 2003) :
1.Biology bukan lagi sebagai ilmu yang berkutat pada data kualitatif saja tetapi juga pada data kuantitatif.
2.Bioinformatika sebagai alat yang berguna dalam mengorganisasi data yang sangat kompleks, seperti tercermin dalam kompleksitas sistem biology
3. lebih ekonomis karena mampu melakukan prediksi dan interprestasi data tanpa harus melakukan banyak ulangan percobaan
4.Bioinformatika akan merubah cara peneliti dalam bekerja

Secara garis besar aktivitas bioinformatika dibedakan menjadi 2 bagaian besar yang pertama adalah aktivitas secara on-line yang berarti menggunakan fasilitas internet dalam mengakses bank data dan yang kedua adalah aktivitas yang tidak dilakukan secara on-line dengan menggunakan program local (pada komputer pemakai). Aktivitas on-line misalnya dalam mengetahui homologi sekuen DNA yang kita miliki dengan bank gen yang ada misalnya genbank, EMBL, dan DDBJ. Sedang aktivitas yang bukan online misalnya dalam perancangan primer dengan program Bio-edit, DNA star ,atau Primer.
Aktivitas bioinformatik secara garis besar juga dibedakan atas (Trimarsanto, 2003) :
1. Sequen alligment dengan BLAST
2.Gene prediction 
             -coding region prediction 
       -promoter binding site
  -function prediction
3.Phylogenetic analisis
4.Prediksi struktur protein
5.Protein Structure alligment, misalnya untuk mendesign obat
6.Biochemical simulation
7.Primer design

yuukkk lanjut ke jurnall :)

MOLECULAR CHARACTERIZATION  

OF A GREEN ALGAE ISOLATE BY 16S rRNA  

IN IMPROVEMENT OF CAROTENOID PRODUCTION 

Hermin Pancasakti Kusumaningrum , Joedoro Soedarsono ,

Endang Kusdiyantini

Microbiology Laboratory, Inter-University Center for Biotechnology, Gadjah Mada University, 

Jalan Tehnika Utara, Barek, Jogjakarta.

Microbiogenetics Laboratory, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Diponegoro University, Jl. 

Prof. Soedarto, UNDIP, Tembalang, Semarang. 50275. 

Abstrak 

Sintesis karotenoid alami belum pernah  melebihi produk sintetik pada skala 

komersial. Kurangnya pemahaman mengenai aspek mikrobiologis dan ekofisiologis isolat 

penghasil karotenoid seringkali menyebabkan terjadinya kesalahan penamaan spesies. Satu 

isolat lokal alga hijau dari Perairan Jepara yang digunakan sebagai pakan alami sumber 

karotenoid hewan-hewan  perikanan, pada mulanya dianggap sebagai  Dunaliella. Penamaan 

Dunaliella hanya dilakukan berdasarkan pengamatan mikrobiologis dan  ekofisiologis yang 

kurang lengkap. Tujuan utama penelitian ini adalah menentukan spesies satu isolat lokal alga 

hijau secara molekuler menggunakan 16S rDNA  untuk mendeteksi jalur biosintesis 

karotenoid yang digunakan.

Urutan basa 16SrRNA  yang diperoleh dianalisis menggunakan Multiple Alignment 

Analysis dan analisis filogenetik melalui program ClustalX, ClustalW, GeneDoc, Phylip dan 

NjPlot. Hasil penelitian memperlihatkan bahwa Isolat alga hijau menunjukkan similaritas 

yang tinggi dengan anggota-anggota Sianobakteria. Keserupaan tertinggi dimiliki dengan  

Cyanobacterium sp. MBIC 1021 sebesar 99 %, diikuti Synechocystis PCC6308 sebesar 95 %. 

Hasil analisis similaritas dan filogenetik memperlihatkan peluang bahwa Isolat alga hijau 

mengikuti jalur baru non-mevalonat dalam biosintesis karotenoidnya. 

jurnal selengkapnya dapat dilihat disini.

resumenya yuukk...

Karotenoidmemiliki rentang biologis beragam fungsi dan tindakan, seperti warna spesies tertentu, perlindungan cahaya, dan cahaya pemanenan, dan mereka berfungsi sebagai prekursor hormon. Karotenoid digunakan secara komersial sebagai pewarna makanan, suplemen dan pakan ternak, dan baru-baru ini untuk kosmetik dan farmasi.

Fotosintesis organisme seperti ganggang hijau, Scenedesmus obliquus, Chlorella fusca, Chlamydomonas reinhardii dan tanaman lebih tinggi menggunakan jalur non-mevalonate atau dikenal sebagai deoxyxylulose 5-fosfat (DXP) untuk biosintesis karotenoid. DXP Synthase gen (DXS) adalah enzim yang mengkatalisis membatasi pada jalur DXP. Terjadinya eksklusifjalur non-MVA untuk biosintesis isoprenoidnya plastidic dan sterol mungkin me-rupakan fitur umum dari banyak ganggang hijau.
Sebuah isolat spesies alga dari BBAP Jepara, dicurigai mewakili strain Dunaliella, ditemukan berpotensi berguna sebagai sumber karotenoid dalam aditif makanan atau sebagai suplemen makanan dalam budidaya ikan. penting untuk menguji identifikasi spesies didasarkan pada teknik molekuler menggunakan 16S rRNA urutan, untuk mendukung karakterisasi mikrobiologi dan eko-fisiologis. 

Untuk selanjutnya dilakukanlah pengayaan dan pengisolatan Dunaliella primilecta dengan kondisi yang steril dan menyesuaikan dengan kebutuhan pertumbuhnnya. Kemudian dilakukan Ekstraksi DNA dengan mempersiapkan dari ganggang genomik DNA isolat dilakukan oleh modifikasi Metode CTAB dan langkah-langkah kimiawi lain hingga dapat dilakukan pemurnian DNA dengan RNaseA dan diinkubasi dalam waterbath pada suhu 37 ° C selama 1 jam. DNA disimpan pada suhu -20 ° C atau langsung digunakan untuk PCR. Setelah itu dilakukan Amplifikasi Dunaliella sp.16S rRNA dengan PCR menggunakan primer spesifik. Urutan maju primer adalah 5'-AGAGTTTGATCMTGGCTCAG-3 ', reverse primer 5' TACGGYTACCTTGTTACGACTT-3 sesuai dengan pasangan basa '1541 masing-masing dan kemudian dilakukan Analisis filogenetik sequencing dan 16S rRNA.

langkah berikutnya : 16S rRNA urutan dari isolat ganggang hijau di analisis oleh kesamaan (Homologi). Data sekuens diserahkan ke website GeneBank di www.ncbi.nlm.nih.gov dan Eropa Bioinformatika Layanan website di www.ebi.ac.uk. Menyiapkan database pencarian adalah menggunakan Program BLASTN. Database pencarian dan analisis filogenetik juga dilakukan dengan urutan 16S rRNA yang diambil dari urutan genom publik dan kepemilikan database. Data urutan awal juga diperoleh dari GeneBank.Nukleotida yang sama menggunakan program ClustalX dan versi CLUSTALW 1,7) dengan BLOSUM62 kesamaan matriks dan kesenjangan pembukaan dan perluasan hukuman 10,0 dan 0,05, masing-masing. Pohon filogenetik yang dibangun dengan metode tetangga-bergabung (NJ) dengan PHYLIP versi 3.5c. untuk setiap bagian.

Urutan analisis 16S rRNA asam nukleat dalam Fragmen GeneBank dan Eropa Bioinformatika menunjukkan hasil yang serupa. Analisis dengan metode alignment beberapa mengungkapkan hubungan isolat ganggang hijau dengan beberapa anggota Cyanobacteria.

Analisis homologi dengan anggota Cyanobacteria diambil dari GeneBank dan Bioinformatika Eropa menunjukkan kesamaan yang dekat antara isolat ganggang hijau dengan cyanobacterium sp. MBIC 120 dengan homologi 99% dan Synechocystis PCC6308 dengan 95% homologi. Delapan spesies urutan dengan homologi dekat sebagian besar digunakan untuk membangun pohon filogenetik oleh tetangga-bergabung metode menggunakan 16S rRNA dari kloroplas Dunaliella salina sebagai suatu outgroup. Ganggang hijau mengisolasi homologi sesuai analisis dalam membentuk klade berbeda dengan cyanobacterium sp. Karakteristik mikrobiologi dari ganggang hijau mengisolasi dari penelitian sebelumnya juga menegaskan hal ini hasil analisis molekuler, di dipamerkan karakteristik unik yang sangat berbeda dengan semua karakteristik Cyanobacteria. ada  kemungkinan bahwa ganggang hijau mungkin mengisolasi salah satu anggota Prochloron.

Matriks menunjukkan jarak genetik berkisar dari 93% sampai 99%. Ini berarti tidak ada variasi genetik tinggi di antara isolat ganggang hijau dengan anggota spesies lain dari Cyanobacteria. Dari analisis, dapat diasumsikan bahwa spesies isolat ganggang hijau dekat dengan anggota Cyanobacteria. isolat ganggang hijau ganggang prokariotik, sedangkan Dunaliella adalah suatu ganggang hijau eucaryotic. Terdapat kemungkinan bahwa isolat ganggang hijau berada pada jalur non-mevalonate baru untuk biosynthetics catotenoid sebagai Cyanobacteria beberapa lainnya anggota terutama Synechocystis dan Synechococcus.

Kesimpulan
Hasil yang diperoleh melalui karakterisasi molekuler berbasis 16SrRNA mengindikasikan bahwa isolat ganggang hijau menunjukkan hubungan dekat dengan anggota sebagian besar Cyanobacteria dengan Cyanobacterium sp. MBIC 1021 terutama dengan kesamaan 99% dan 95% kesamaan dengan Synechocystis PCC6308. Hasil analisis ini menunjukkan kemungkinan bahwa isolat ganggang hijau mengikuti jalur non-mevalonate baru untuk biosynthetics catotenoid nya.