TAKE HOME TEST

hy bee..
ini hampir mirip sm yg postingan sbelumnya, tapi gatau yg kemarin bener atau g, akhirnya aku bkin baru lagi deehh bee :)
mencuri wktu belajar materi ujian limno besok yang buanyakk banget.. gpp deehh..
ngadepin kertas terus kn lama2 bosen, sekali2 di selingi sma ngadepin lepy :D
hehhe

junal artikel kali ini sumbernya dari E-Book portal undip yaitu springerlink .
naahhh.. jurnal artikelnya bisa dilihat disini :)
atau bisa juga disini lhooo...

Development of an oligo DNA microarray for the European sea bass and its application to expression profiling of jaw deformity

(Perkembangan dari sebuah DNA Microarray Oligo untuk sea bass Eropa dan Aplikasi untuk menunjukkan Profil Bagian Deformitas)

Eropa sea bass (Dicentrarchus labrax) merupakan ikan laut yang sangat penting untuk perikanan dan akuakultur. Pada genomik fungsional terdapat kemungkinan untuk menemukan mekanisme molekuler yang mendasari sifat produktif dalam ikan budidaya, dan langkah menuju penerapan metode seleksi penanda membantu dalam spesies ini.

seperti apa sih ikannya yaaa... yyuukk ditilik :))

sekilas mirip ikan bandeng yaaa :))

Rahang bawah / tonjolan prognatisme adalah suatu malformasi perkembangan fenotipe wajah yang sangat khas. Dalam sea bass Eropa, Dicentrarchus labrax, fenotipe yang sering di amati mirip dengan prognatism. malformasi pada ikan ini dikaitkan dengan  kurangnya vitamin A atau kelebihan Ω-3 poli-asam lemak tak jenuh (PUFAΩ3) [5,6]. Sementara kondisi eksternal (misalnya pola makan, suhu air) dianggap faktor terbesar penyebab dari cacat tulang (tengkorak dan tulang belakang). Kenampakan profil individu menunjukkan fenotipe alternatif dan dapat di jadikan sebagai pendekatan komplementer untuk analisis keterkaitan, dalam rangka untuk mengidentifikasi lokus yang terlibat dalam penentuan sifat genetik. Selanjutnya, pendekatan transcriptomic mungkin memberikan gambaran yang lebih luas dari mekanisme molekul yang mendasari pengembangan cacat kranial, yang bisa menjelaskan juga pada faktor-faktor lingkungan yang mempengaruhi kondisi ini. Maka  suatu oligo DNA microarray, khusus untuk D. Labrax dikembangkan. pendekatan yang sama pada spesies ikan lainnya  sudah disediakan microarray kuat dan fleksibel.

Meskipun bass laut di mendukung lokal perikanan dan rekreasi memancing, kepentingan utama pada spesies ini terkait dengan budidayanya. Ikan yang cacat tidak digunakan sehingga mmepengaruhi produksi dari ikan bass itu sendiri, selain itu juga memakan waktu dan tenaga untuk menyeleksinya.

Penjelasan fungsional gen diferensial dinyatakan Dalam rangka untuk mendapatkan interpretasi fungsional yang lebih sistematis dari himpunan gen diferensial dinyatakan, GO analisis pengayaan dilakukan menyusul dua strategi alternatif.Pada yang pertama, GO analisis pengayaan dilakukan dengan menggunakan alat GOStat.
Semua urutan cDNA di sea bass microarray terdiri dari urutan mRNA secara umum, EST diproduksi melalui sekuensing akhir 5 dari klon dari arah sumber cDNA.  sebagian besar gen pengkodean ditranskripsi pada kedua tali, menghasilkan transkrip antisense.Untuk cross-memvalidasi kinerja platform, satu set gen yang signifikan diuji dengan menggunakan QRT-PCR.  Sebuah korelasi yang signifikan secara statistik diperolehdengan  membandingkan tingkat ekspresi untuk masing-masing gen di semua sampel . Sembilan gen menunjukkankoefisien korelasi yang tinggi (Spearman rho> 0,8) , dengan probabilitas (nilai p <0,01) dengan data qPCR. Tiga gen menunjukkan korelasi yang signifikan (0,7 <rho> 0,8 dengan nilai p <0,01), sementara tidak ada korelasi yang diamati pada kinase siklin dependent 2-1 (CDK2) menunjukkan perubahan lipat <1,2, yang perubahannya terdeteksi oleh gen spesifik PCR dan oleh kedua microarray probe.

Poin utama muncul dari hasil penelitian ini :

·        fleksibilitas, kehandalan, dan reproduktifitas  yang tinggi dari platform microarray dikembangkan untuk sea bass Eropa.

·         menyangkut penjelasan Transkriptome sea  bass
·        keberadaan Nat di sea bass Transkriptome, terkait dengan masalah ini. antisense alami transkrip awalnya diidentifikasi mencari koleksi EST , dan tampaknya meluas di seluruh spesies hewan. 
Analisis microarray sea bass Transkriptome tidak secara khusus bertujuan menyelidiki Nat namun memberikan bukti awal untuk keberadaan RNA antisense putatif pada spesies ini.Analisis fungsional Nat seabass juga menunjukkan pengayaan yang signifikan fungsi molekul tertentu, meskipun hasil ini memerlukan konfirmasi lebih lanjut.
Perkembangan tulang tidak  paling tidak  mewakili proses biologis yang ber-hubungan dengan  peran fungsional protein yang dikode secara diferensial dan di ekspresikan oleh gen dalam sea bass yang cacat. Sebuah fraksi besar dari mereka muncul untuk mempengaruhi pertumbuhan dan fungsi  saraf. Pergeseran temporal dalam perkembangan saraf mandibula, yang mungkin akibat dari proses mandibula berubah untuk pembentukan tulang.  Sebuah keterlambatan dalam proses osifikasi memungkinkan pertumbuhan berkepanjangan komponen tulang mandibula meng-akibatkan rahang bawah yang menonjol.

Kesimpulan
Analisis microarray sea bass Transkriptome memberikan bukti awal untuk keberadaan RNA antisense putatif pada spesies ini. Platform genomik diterapkan untuk mendeteksi diferensialgen diekspresikan dalam rahang bawah rahang-cacat ikan, mengungkapkan bawah regulasi yang signifikan dari transkrip yang terlibat dalam pembentukan tulang dan fungsi saraf. Clustering dilakukan dengan meng-gunakan strategi berdasarkan BLAST (Basic Local Alignment Pencarian Alat) untuk mengidentifikasi urutan calon. Kesamaan pencarian untuk setiap transkrip yang berbeda terhadap database yang berbeda dilakukan dengan menggunakan BLAST tersebut. Semua transkrip sea bass yang unik, dan penjelasan yang sesuai mereka disimpan dalam labrax Dicentrarchus Padova Database (DLPD), yang didasarkan pada BIOMART lingkungan dan dapat dilihat dengan menggunakan filter yang berbeda.