NCBI

NCBI ..
mulaii di garapp :))




berikut merupakan pengenalan tentang NCBI dari berbagai sumber ..

PENGENALAN NATIONAL CENTRE FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION (NCBI) 

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang menyediakan  sumber informasi terkait perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat di akses oleh publik dan mengembangkan software penganalisis data genom.

Databases and Software

1. Entrez

Entres merupakan sistem pencaria  informasi dalam NCBI yang menyediakan akses terintegrasi untuk melakukan sekuensing, pemetaan (mapping), taksonomi dan data struktural. Entres juga menyediakan gambaran grafis untuk mapping sekuen dan kromosom. Ciri khas dan keunggulan entrs adalah kemampuan untuk pencarian informasi trkait sekuen, struktur dan referensi. Literatur jurnal yang tersedia dapat diakses pada PubMed. PubMed  merupakan alat penghubung pencarian web yang menyediakan akses ke lebih dari 11 juta jurnal di MEDLINE.

2. Nucleotide Database

Database nukleotida merupakan suatu koleksi sekuen dari beberapa sumber, termasuk diantaranya GenBank, Reference Sequence ( Refseq ), Third Party Annotation (TPA) dan Protein Data Bank (PDB).

a.       GenBank

GenBank merupakan database sekue genetik dari NIH ( National Institutes Of Health ), berupa koeksi sekuen DNA yang dapat diketahui oleh publik. Database GenBank dibiayai dan didistribusikan oleh NCBI. Data sekuen dikirim ke GanBank oleh peneliti dari seluruh dunia.

3. Blast

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), merupakan suatu program untuk pencarian kemiripan sekuen dan merupakan alat dalam identifikasi gen dan karakter genetik. Blast dapat melakukan pencarian sekuen melalui perbandingan dengan database DNA dalam waktu singkat (kuarang dari 15 detik).

Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :

- nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida meragukan (query sequence) yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida.

- protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database sekuen protein.

- blastx : membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan data base sekuen protein.

- tblastn : membandingkan suatu protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6-frame.

- tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.

HOMOLOGI PROTEIN

Protein merupakan polipeptida yang tersusun atas asam amino. Sekuens asam amino dari masing‐ masing protein ditentukan oleh gen yang meng‐kodenya. Gen ditranskripsi menjadi mRNA dan se-lanjutnya mRNA ditranslasikan menjadi protein oleh ribosom. Urutan basa yang berbeda pada mRN akan menghasilkan asam amino yang berbeda. Beberapa organisme dapat memiliki jenis protein yang sama. Sebagai contoh, hormon insulin terdapat pada manusia, babi, sapi dan beberapa hewan mamalia lainnya. Fungsi insulin pada masing‐masing organisme tersebut adalah sama, yaitu mengubah glukosamenjadi glikogen sehingga kadar gula  darah dapat terkontrol. Namun demikian, ternyata insulin pada masing‐masing organisme memiliki struktur primer yang berbeda karena adanya perbedaan  beberapa sekuen asam amino. Oleh sebab itu diperlukan penelitian mengenai homologi protein antar‐organisme sehinga dapat di bandingkan kemiripan asam amino yang menyusun protein. Melalui program blastp pada situs NCB dapat dilakukan pencarian protein homolog dari berbagai macam organisme. Homologi bukan  berarti sama persis, namun terdapat kemiripan antara satu dengan yang lainnya dengan persentase kemiripan tertentu. Untuk tujuan terapi, misalnya diinginkan suatu protein pengganti dari hewan tertentu, tentu akan dipilih protein yang memiliki persen kemiripan yang paling tinggi dengan protein yang kita miliki, sehingga diharapkan reaksi alergi tidak terjadi. Dalam bidang enzimologi, homologi protein diperlukan untuk mengetahui kemiripan sekuen asam amino suatu enzym yang dihasilkan oleh suatu organisme dibandingkan dengan organisme lain.